Hola Daniel,
en principi pots instal.lar qualsevol aplicació en PHP i MySQL al teu espai de hosting. El procediment normal es que entris al teu panell de control i a la secció MySQL donis d'alta una base de dades per a la aplicació (per exemple un CMS) i un usuari per accedir, i finalment assignar aquest usuari a la base de dades que has creat. Tot això ho fas des de la secció MySQL del teu panell de control.
Després, amb un client FTP com FileZilla per exemple, nomes cal pujar els arxius de la aplicació al teu espai web (public_html) i et caldrà donar permisos d'escriptura al arxiu on guarda la configuració bàsica per accedir a la base de dades (desprès de la instal·lació, per seguretat, li treus el permís d'escriptura al arxiu corresponent). Un cop ho tens pujat i preparat tot al teu espai web, des de el navegador has de cridar al script de instal·lació, per exemple,
http://elteudomini.cat/install.php i començarà el procés de configuració final del CMS, on et demanarà el nom de la base de dades, el usuari i paraula de pas que has creat abans des de el panell de control, la versió del gestor de bases de dades (MySQL 4), etc... El procés de instal.lació pot tenir més passos i demanar altres coses segons els requisits (localització d'alguna llibreria per tractar imatges, permisos de escriptura per a carpetes on pujar arxius via web, etc...)
Be, aquestes instruccions son molt genèriques però es el procediment típic de moltes aplicacions PHP amb MySQL.
També tens la opció de accedir al teu compte de hosting via consola de comandes, fent servir un client SSH i configurar altres coses com tasques periòdiques (crontab) etc..
En tot cas, si no ho veus clar et podem ajudar a fer la instal.lació bàsica.
Salutacions,
Carlos